Portugal, 1633. Quando a Companhia de Jesus recebe a notícia de que o missionário Cristóvão Ferreira teria renunciado publicamente à Fé Cristã, Sebastião Rodrigues e Francisco Garrpe, dois dos seus discípulos mais fiéis, decidem partir para o Japão para o confirmar. Depois de uma longa viagem, os dois sacerdotes deparam-se com um país empobrecido e com uma população subjugada ao regime Tokugawa, que proibiu o Cristianismo ou quaisquer influências europeias no Japão. Ali, eles vão assistir a perseguições e todo o tipo de crueldade em relação aos cristãos, impedidos de qualquer demonstração de fé em Jesus Cristo…