D. Januário é natural do Porto, terminou o Curso de Teologia em 1960, no Seminário Maior. Nesse ano, foi ordenado presbítero na Sé Catedral do Porto.

Uma vez que na altura não eram reconhecidos os cursos de Teologia ministrados pelos seminários, após ter realizado os exames das cadeiras de Letras no Liceu de Viana do Castelo, ingressou no curso de Filosofia da Faculdade de Letras do Porto. Em 1970 obteve a licenciatura com a dissertação “A noção de pessoa em Louis Lavelle”, um trabalho de investigação que iniciou em Paris no ano letivo 1968-1969.

Foi assistente do grupo de Filosofia da Faculdade de Letras da Universidade do Porto, onde lecionou várias disciplinas relacionadas com a Filosofia e História. Foi diretor do secretariado da Pastoral Universitária, bem como reitor da Igreja de S. José das Taipas.

Foi nomeado bispo auxiliar do ordinariato militar em 22 de abril de 1989 pelo Papa João Paulo II, e bispo titular de Gaudiaba. Foi ordenado bispo a 15 de julho pelo cardeal António Ribeiro. Desempenhou vários cargos dentro da Conferência Episcopal Portuguesa, tendo sido seu porta-voz entre1993 e 1999.

A 3 de maio de 2001 foi nomeado bispo das Forças Armadas e de Segurança. Foi agraciado e condecorado pelo seu serviço às Forças Armadas e tem publicado várias obras da sua autoria.

Em 2012 e aos 74 anos de idade pediu a sua resignação junto da Santa Sé, revelando estar disposto a ceder o lugar no momento que completasse os 75 anos de idade. A renúncia foi oficializada a 10 de outubro de 2013.