Gil Magalhães é, desde 2008, professor de Flauta Transversal, Técnicas de Interpretação e Música de Câmara na Universidade do Minho. É também professor na Academia de Música Valentim Moreira de Sá em Guimarães e no Conservatório da Jobra. Paralelamente, frequenta o quarto ano do Programa Doutoral em Performance Musical da Universidade de Aveiro. De 1993 até 2004 foi flautista efetivo da Orquestra do Norte, 1ª Flauta/Solista “A”/Chefe de Naipe desde 1998, na qual realizou, durante este período, mais de 1000 concertos em Portugal, Espanha e França. Do seu extenso currículo destaca-se a sua ligação às bandas filarmónicas, onde tem desenvolvido um trabalho notável como maestro.